Dövlət Gömrük Komitəsinin Akademiyasının (DGKA) Katibliyi fəaliyyətini Akademiyanın struktur bölmələri, Komitənin sisteminə daxil olan qurumlar və aidiyyəti dövlət orqanları ilə əlaqəli şəkildə həyata keçirir. Bunun üçün, Dövlət Gömrük Komitəsinin Akademiyasının Katibliyi:

• Akademiyada kargüzarlıq və arxiv işinin qanunvericiliyə müvafiq aparılmasını təmin edir, digər struktur bölmələrində bu işin təşkilinə nəzarət edir;
• Akademiyada dövlət sirrinin qorunmasını, məxfilik rejiminə əməl edilməsini və məxfi kargüzarlıq işini təşkil edir, dövlət sirrinin mühafizəsinin təmin olunmasına idarə nəzarətini həyata keçirir;
• Akademiyada vətəndaşların qəbulunu təşkil edir;
• Akademiyanın fəaliyyətində qanunvericiliyə riayət olunmasını təmin edir;
• Akademiyanın qanuni mənafelərini müəyyən olunmuş qaydada məhkəmədə və ya digər orqanlar qarşısında təmsil edir;
• Hüquqi təhlil və ekspertizanı aparır, o cümlədən Akademiyanın əmr və sərəncam layihələrinin, Dövlət Gömrük Komitəsinin normativ-hüquqi akt layihələrinin işlənib hazırlanmasında iştirak edir;
• Kadrların uçotunu aparır və şəxsi işlərin hazırlanmasını təşkil edir;
• İşçilərin işə qəbulu, işdən azad edilməsi və başqa işə keçirilməsi üzrə sərəncamlar hazırlayır və buna müvafiq əmək qanunvericiliyinə uyğun sənədləri tərtib edir;
• qanunvericilikdə müəyyən edilmiş digər istiqamətlərdə fəaliyyət göstərir.