Elmi Şura Dövlət Gömrük Komitəsinin Akademiyasının ali kollegial idarəetmə orqanıdır. Elmi Şura öz fəaliyyətini Azərbaycan Respublikasının təhsil, təlim-tərbiyə, elmi, beynəlxalq və inzibati təsərrüfat fəaliyyətinə aid qanunvericilik aktlarını, Dövlət Gömrük Komitəsinin normativ sənədlərini rəhbər tutaraq, Akademiyanın Nizamnaməsinin müddəalarına, Akademiyanın rəisinin əmrlərinə və müvafiq Əsasnamənin müddəalarına uyğun olaraq həyata keçirir.

Dövlət Gömrük Komitəsinin Akademiyasının Elmi Şurasının say tərkibi ali təhsil müəssisəsinin  professor müəllim heyətinin və digər kateqoriyadan olan əməkdaşlarının sayı və Akademiyanın qarşısında duran vəzifələrin icrasında onların iştirakı nəzərə alınmaqla Akademiyanın rəhbərliyi tərəfindən müəyyən edilir və Dövlət Gömrük Komitəsinin sədri tərəfindən təsdiq edilir.

Elmi Şura tədris, təlim-tərbiyə, beynəlxalq əlaqələr, maddi texniki baza, kadr hazırlığı, elmi tədqiqat işləri və s. ilə bağlı mühüm məsələləri müzakirə edir, bu sahələrlə bağlı təkliflər verir, Akademiyanın fəaliyyəti ilə bağlı taleyüklü məsələləri həll edir.